A missão do Controle Interno é garantir que os gestores e servidores observem as normas da administração pública e que as políticas públicas sejam cumpridas. Ele visa prevenir erros, irregularidades, fraudes e desperdícios dos recursos dos contribuintes, ajudando na prevenção e no combate à corrupção, na melhoria da qualidade dos gastos públicos, fiscalizando e orientando todos os demais órgãos da administração pública nos processos de compra, de contratação de serviços de terceiros, propondo soluções para questões técnicas.
Além disso, o Controle Interno serve como uma ferramenta de apoio ao prefeito, orientando e, somente após, cobrando e, em último caso, levando ao conhecimento do Ministério Público. Ele também fornece ao gestor a tranquilidade de estar sempre informado sobre a legalidade dos atos administrativos, do cumprimento de diretrizes e metas ou até mesmo do risco de não conseguir atingi-las.
Em resumo, o Controle Interno é um conjunto de práticas de supervisão que visa garantir a eficiência, eficácia, efetividade e economicidade na gestão pública municipal.